سید مجتبی خامنهیي د سید علي خامنهیي دویم زوی دی چې په ۱۳۴۸ کال کې د ایران په مشهد ښار کې زېږېدلی دی. هغه د ځوانۍ له وخته د دیني زدهکړو لاره غوره کړه او د دیني علومو لومړنۍ زدهکړې یې د تهران په مجتهدي تهراني مدرسه کې پیل کړې. د ایران او عراق جګړې پر مهال، د هغه مهال د ډېرو ځوانانو په څېر، نوموړی هم د جګړې جبهاتو ته ولاړ او د جګړې له ځواکونو سره یو ځای شو. د جګړې له پایته رسېد وروسته، په ۱۳۶۸ کال کې د دیني زدهکړو د دوام لپاره قم ښار ته ولاړ او د ۱۳۷۰ لسیزې تر لومړیو پورې یې د قم په علمیه حوزه کې زدهکړې وکړې.
هغه په ۱۳۷۱ کال کې بېرته تهران ته ستون شو او شاوخوا پنځه کاله یې په همدې ښار کې دیني زدهکړو ته دوام ورکړ. په ۱۳۷۶ کال کې یې واده وکړ او په همدې کال کې د خپلو زدهکړو د بشپړولو او د علمي فضا د ګټې اخیستنې لپاره یو ځل بیا قم ته کډه شو. په قم علمیه حوزه کې هغه د اسلامي علومو په بېلابېلو څانګو کې له نوموتو استادانو زدهکړې وکړې، لکه احمدي میانهجي، رضا استادي او یو شمېر نور وتلي استادان.
مجتبی خامنهیي د فقې اصولو په برخه کې هم له ګڼو سترو استادانو او مراجعو څخه ګټه واخیسته؛ له هغو ډلې سید علي خامنهیي، جواد تبریزي، حسین وحید خراساني، سید موسی شبیري زنجاني، مجتبی تهراني او محمد مؤمن قمي یادېږي. په دغو علمي درسونو کې ګډون او له بېلابېلو فقهي او اصولي نظریو ګټه اخیستل د هغه د علمي او فکري بنسټونو په جوړېدو کې مهم رول درلود.
سید مجتبی خامنهیي د زدهکړو تر څنګ کلونه کلونه د دیني علومو تدریس هم کړی دی. ویل کېږي چې هغه له اوولسو کلونو زیات د فقې اصول تدریس کړي او هڅه یې کړې چې د علمي یادښتونو او نویو بحثونو له لارې فقهي او اصولي بحثونو ته پراختیا ورکړي. د هغه د تدریس له ځانګړنو، د پخوانیو نظریو نقد، د مطالبو منظم وړاندې کول، منطقي استدلال او په ځینو علمي موضوعاتو کې د نویو نظریو طرح کول بلل کېږي.
د وخت په تېرېدو سره، د قم په علمیه حوزه کې د فاضلانو او طلبهوو له لوري د هغه د تدریس هرکلی وشو او د کرونا تر خپرېدو مخکې سلګونه دیني زدهکوونکو په دغو درسونو کې ګډون کاوه. د کرونا له خپرېدو وروسته دغو درسونو په مجازي بڼه دوام وموند او د ګډون کوونکو شمېر زیات شو، تر دې چې د ۱۴۰۲ تعلیمي کال په پیل کې له زرو زیاتو کسانو د هغه په درس کې د ګډون لپاره نوملیکنه وکړه. خو وروسته هغه په ناڅاپي ډول اعلان وکړ چې خپلې درسي غونډې بندوي او له خپلو شاګردانو یې بښنه وغوښته. دا پرېکړه د ډېرو طلبهوو او د حوزې د څارونکو لپاره د حیرانتیا وړ وه.
له دې خبر وروسته د قم علمیه حوزې یو شمېر طلبهوو او استادانو په یوه لیک کې له هغه وغوښتل چې خپل درسونه بیا پیل کړي. خو مجتبی خامنهیي خپلو ځینو نږدې شاګردانو ته وویل چې د دې پرېکړې لامل معنوي اړخ لري او ټینګار یې وکړ، چې د ډېرې ګڼې ګوڼې سره به د هغه درسي بهیر دوام ونشي کړی. هغه خپلو شاګردانو ته سپارښتنه وکړه چې د زدهکړو د دوام لپاره نورو استادانو ته مراجعه وکړي او د استاد په ټاکلو کې علمي وړتیا، دیني ژمنتیا او اخلاقي سلامتۍ ته پام وکړي.
د خپلو علمي فعالیتونو په دوام، هغه د فقې او اصولو په برخه کې څېړنو او لیکنو ته مخه کړه او د ځینو فقهي متونو حاشیه لیکل او د خپلو درسي بحثونو بیا لیکل یې تعقیب کړل. همدارنګه ویل کېږي چې د علمي فعالیتونو تر څنګ یې د حوزې له ځینو فقهي او تعلیمي مرکزونو ملاتړ کړی او د ځینو علمي بنسټونو په جوړولو کې یې هم رول لوبولی دی. د دې کارونو هدف د څېړنیزو فعالیتونو پیاوړي کول او داسې طلبه روزل بلل شوي چې هم علمي وړتیا ولري او هم له ټولنیزو مسایلو سره بلدتیا.
سید مجتبی خامنهیي د علمي فعالیتونو تر څنګ له ځینو علماوو، مراجعو او مذهبي شخصیتونو سره نږدې اړیکې هم لرلې او په اخلاقي او معنوي محفلونو کې یې ګډون کاوه. ویل کېږي چې د قم او مشهد په دیني مدرسو کې د اخلاقو او عرفان له ځینو استادانو سره اړیکو د هغه د شخصیت په معنوي او اخلاقي اړخونو کې اغېز درلود.
له دې ټولو سره سره، ویل کېږي چې هغه د هېواد له ځینو چارواکو او مدیرانو سره هم اړیکې لرلې او د هېواد د مهمو مسایلو او د حکومتولۍ په بېلابېلو برخو کې یې خپل نظرونه او وړاندیزونه وړاندې کړي دي. همدارنګه هغه په ځینو غونډو کې د علمي نخبهګانو او د بېلابېلو برخو له کارپوهانو سره ګډون کړی او د اقتصاد، ساینس او ټکنالوژۍ په اړه یې بحثونه کړي دي.
په ټوله کې، سید مجتبی خامنهیي د دیني حوزې له هغو روحانیونو او استادانو ګڼل کېږي چې د فقې او اصولو په برخه کې د تدریس او څېړنې تر څنګ په ځینو فکري او ټولنیزو برخو کې هم حضور لري او د کورنۍ مخینې او علمي فعالیتونو له امله د ځینو طلبهوو او مذهبي محفلونو ترمنځ پېژندل شوې څېره ده.